Разделение водорослей на систематические группы, то есть отделы, по большому счету совпадает с их окраской, особенностями строения. Распространенная классификация водорослей включает 10 отделов.

|
Синезеленые |
| Пирофитовые |
| Золотистые |
| Диатомовые |
| Желтозеленые |
| Бурые |
| Эвгленовые |
| Красные |
| Харовые |
| Зеленые |
